タンパク質は消化され、その後代謝されるときに副産物である窒素分子はアンモニアに分解され、最終的にに尿素に代謝される。その後、尿素は肝臓と腎臓によって除去され排泄される。このアンモニアや尿素をデトックスする処理能力には個体差がある（CPS1遺伝子多型の影響など）。また高レベルのタンパク質は生理的に高レベルのアンモニア蓄積を促す。高タンパク質食は高アンモニア食だと考えるべき。（特に、CBS、CPS1、NOS、MTHFR A1298C、BH4にSNPsが見つかった場合は注意が必要）。