小腸で吸収されなかった脂肪酸と結合状態のマグネシウムは、大腸の腸内細菌が出した有機酸により再びイオン化されて、腸粘膜から再吸収される。吸収率の悪い二価イオンのマグネシウムが吸収されるためには、腸内環境が乳酸菌など良い細菌で満たされ、酸性に保たれていることが条件。