消化管は非自己抗原が生体へ侵入するのを防ぐバリア機能を持っている。このバリアが非自己抗原を排除するばかりでは、有益な食品タンパク質を利用することが出来ない。そのために消化管は選別し受け入れる働きがある。その働きをしているのが、経口免疫寛容システム。