糖質制限食が適応とならない場合：
・糖新生が阻害されているとき
・食事内容が他の疾患に影響するとき
・炭水化物依存からの離脱時
糖質制限食は相対的に高タンパク・高脂肪食になるので、腎不全と活動性膵炎には適応とならない。
肝硬変では、糖新生能力が低下しているため適応とならない。
長鎖脂肪酸代謝異常症では、脂肪酸が上手く利用できないので、適応とならない。
機能性低血糖症の場合、炭水化物依存症レベルが重症のとき、糖新生能力が低下していることがあり、まれに低血糖症を生じますので注意が必要。
中等度以上の副腎疲労では副腎からのコルチゾール分泌が低下しており、血糖を保つための糖新生に支障を生じている。副腎からのコルチゾール産生が戻ってくるまで、適度に糖質を摂取する必要がある。