糖質の種類の選択には腸内環境を見る必要がある。血糖値の安定化には繊維の多く含まれる玄米などが有効だが、腸内環境が悪化している場合、繊維の多い糖質が消化に負担をかけることがある。副腎疲労の場合、タンパク異化が亢進し、消化酵素不足であることが多い。この状況での高タンパク、高脂肪食は消化不良、腸内環境の更なる悪化をきたす場合もある。