SIBOを疑うような腹部膨満など強い症状を伴う場合は治療を考慮。状況に応じて、感受性のある抗生剤や天然の抗菌剤、ハーブを使用し、抗生剤を使用する場合は、一緒に良性細菌も除菌の影響を受けるため、必ず良性細菌を補充する事が必要。 境界型や悪性のclostridium sppが検出された場合は個別の対応が必要になることがある。