カンジダ感染の検査には、培養検査と顕微鏡検査がある。検出される場合はかなりのカンジダ感染があると考える。 カンジダは腸粘膜に入り込んでいるため、便検査で検出されないこともかなりの確率である。検出されなくとも、カンジダの異常増殖がないとは限らない。抗生剤、ステロイド投与歴などの問診、症状、有機酸検査のアラビノース値などと常に照合して総合的に判断する。 特に、抗生物質とステロイドの使用歴には注意。