短鎖脂肪酸は、食物繊維が腸内良性細菌に修飾されてできる。微生物の生理学的性質の多くは、発酵および短鎖脂肪酸（SCFAs）、特に酢酸塩、プロピオン酸塩および酪酸塩の生成に起因する可能性があり、これは炭水化物摂取や大腸通過時間、pHなど様々な要因によって修飾される。少ないと ディスバイオーシス（腸内菌共生バランスの乱れ/腸内毒素症）の原因にもなり、この数値が低値の場合、食物繊維、プレバイオティクスの摂取などを勧める。