ペプシノーゲン１と２は、胃酸の分泌を間接的に見ている。ペプシノーゲンは、胃酸でペプシンに変わってたんぱく質を消化する酵素に変わる。ペプシノーゲン1と2が低いという事は胃酸も出ていない。胃酸抑制剤の服用、ピロリ菌でペプシノーゲン1と2の値は上昇する。