マグネシウムが腸粘膜から吸収されるためにはイオン化されることが必要。食物中の有機化合物に結合しているミネラルは結合力が強いため、イオンになるために胃酸や腸内の有機酸の助けが必要。胃酸によってpHを下げることでイオン化しやすくなる。また、キレート化（ミネラルイオンが2分子から3分子のアミノ酸で挟まれた状態）すると別の入り口から吸収される。IBS（過敏性腸症候群）、リーキーガットではマグネシウム吸収は抑制される。ミネラルの吸収に必要な短鎖脂肪酸の生成がうまくいかないため。加工肉などで使用されるリン酸塩はマグネシウムとの結合力が非常に高く、吸収を阻害する。重金属の蓄積もマグシウムの吸収を妨げる。また、グリフォセートなどの除草剤はマグネシウムをキレートし、体外へ排出させる。マグネシウムは非活性ビタミンDを活性型に変換するのに必要なため、ビタミンD補給時にはマグネシウム摂取が必須。