小胞体はDNAの設計図に応じて正しくタンパク質を作ることが求められる。タンパク質には機能性タンパク質と構造タンパク質があるが、特に酵素のような機能性タンパク質は一部の構造に欠陥があると機能しない。出来損ないのタンパク質は小胞体内に不良在庫として残ってしまう。また、小胞体の膜がうまく働かなくてもタンパク質がうまく出荷する事が出来なくなる。不良タンパク質が多く溜まってくると、小胞体の機能はだんだん低下していく。これを小胞体ストレスという。小胞体機能が低下すればミトコンドリア機能も低下する。