IgAは皮膚由来の臓器に沈着しやすい。腎臓（腎臓は血管の塊）、膵臓（糖尿病に）、腸（クローン病、潰瘍性大腸炎に）、甲状腺（甲状腺機能低下症、亢進に）、血管（狭心症に）、皮膚（掌蹠膿疱症に）、胸骨・肋骨・鎖骨（掌蹠膿疱症性関節炎に）。