SIBO治療の抗菌剤は、リファマイシン系抗菌薬（腸から吸収されにくく、腸管内の増えすぎた細菌を減らす効果が高い）が良いと言われてる。標準治療薬は、リフキシマ。悪性・境界性細菌が多い場合はバイオフィルムクレンズ。