アンモニアはタンパク質が代謝される時に作られる。通常は肝臓で代謝され、尿から排泄されるが、肝機能が低下すると、この尿素回路が滞ってアンモニア濃度が上がる。身体でアンモニアが増えると、エネルギー源であるATPの産生を妨げてしまうため、疲労感が増加する。血中濃度が高くなったアンモニアは脳関門から脳へ移動し、脳がアンモニアの影響を受ける。体臭もきつくなる。溜まりすぎたアンモニアを、処理するのに有効なのがBCAA。疲労回復、二日酔いによく効く。