ケトジェニックダイエットはカルシウム代謝に注意する。血液中のカルシウムイオンの働きで、血液は弱アルカリ性（pH7.4）を保っている。血液が酸性に傾けば、弱アルカリ性を保つために、骨からカルシウム、マグネシウムなどアルカリを保つためのミネラルが溶け出す。骨折が多くなる、骨密度が低下する、溶けだしたミネラルが固まって結石になるなどの可能性がある。