甲状腺機能低下症（副腎疲労の人は合併することが多い）の場合、未発酵大豆製品の摂りすぎに要注意。発酵大豆は大豆本来のデメリット(フィチン酸・酵素阻害物質・ゴイトロゲン)を緩和して、栄養価を高める。
・ゴイトロゲン作用→甲状腺へヨウ素が蓄積されるのを阻害してしまう働きの総称。ゴイトロゲン作用により、ヨウ素が欠乏し、甲状腺機能低下症につながる恐れがある。薬剤や食物に含まれる成分でも作用を引き起こす。ゴイトロゲンの性質をもつ成分にはアブラナ科などの植物やからしなどに含まれる辛み成分イソチオシアネート類、豆類や種子類に含まれるイソフラボン類がある。
・酵素阻害物質→豆乳などの未発酵大豆は酵素阻害物質により消化不良を起こしやすくなる。
フィチン酸→大豆や玄米に含まれるフィチン酸は金属との相性が良いため、亜鉛、鉄、マグネシウム、カルシウムなどの重要なミネラルを排出する。水銀や農薬なども排出するため一長一短。