自然な量の果糖はほとんどが小腸で代謝されブドウ糖になる。異性化糖に含まれるような、小腸の処理能力を超える量の果糖では肝臓、腸内細菌への影響が考えられる。食後は小腸で果糖を代謝する酵素ケトヘキソキナーゼの発現が増える。フルーツの果糖は特に問題なく、特に食後は良い。