大豆の取りすぎが甲状腺機能低下を招く可能性がある。大豆には、ゴイドロゲンという甲状腺腫誘発物質が含まれており、甲状腺ホルモンの生成を妨害する作用がある。ゴイトロゲン以外にも、ゲニステイン（大豆イソフラボン）は、甲状腺ホルモンの生成を遮断することがある。また、大豆に含まれるフィチン酸塩が、亜鉛をキレートするため、甲状腺ホルモンに必要なミネラルが不足するという二次被害もありうる。このような負の影響を、味噌、醤油、納豆のように、発酵させることでリスクヘッジできる。