腸内環境悪化の原因は、消化不良とディスバイオシスの2パターン。消化不良は胃酸がでない（ペプシノーゲン、ピロリ抗体）、胆汁がでない（コレステロール値が低い、高すぎる）、消化酵素がでない（血中アミラーゼ）、胃腸が動かない（自律神経の緊張、低血糖、好中球が高い）の4パターン。毛髪検査でミネラル吸収が悪い（全て左側によっている）場合も腸内環境・消化不良のマーカー。有機酸検査DHPPAは良性細菌のマーカーだが、増えすぎるとSIBOを引き起こし腹部膨満を引き起こす。