免疫疾患の改善にも副腎疲労治療が大きく関与している。副腎が完全に疲弊していれば、ステロイドホルモンが産生されず、炎症の抑制が効かない。免疫疾患ではステロイドが使用されていることも多く、二次的に副腎が疲弊している。脱ステロイドを行う際に、著名な副腎疲労症状（炎症が治まらない、低血糖がひどい）に苦しむ人は少なくない。