子宮内膜症の根本原因への対処法：
月経のたびに病状が進行する疾患なので、一般的には薬を使って月経を止める（人工的に閉経や妊娠状態を作り出す）方法がとられている。
・内分泌かく乱物質への暴露を少しでも減らす
プラスチックの使用を極力減らす。場合によっては焼却施設の近くからは引っ越しする。
重金属に関してはまず毛髪ミネラル検査を。カドミウムは米、水銀は魚か歯の詰め物、鉛は古い水道管などが大きな暴露源。
・重金属の影響が過度にある場合はキレーション治療も考慮する
重金属への暴露が十分に疑われる状況なのにもかかわらず、毛髪検査で排泄が見られない場合、体から排泄する力が低下している可能性がある。水銀や鉛にはDMSA、カドミウムやアルミニウムには EDTA製剤でのキレーション治療。 ファスティングで解毒するという選択肢もある。
過剰なエストロゲンを代謝する
閉経前女性は主に卵巣で細胞増殖作用の強いエストラジオール（E2）が作られるが、閉経後は卵巣が萎縮し代わりに副腎と脂肪組織でエストロン（E1）が作られるようになる。これらのエストロゲンは肝臓で代謝され水酸化エストロゲンに変化するが、その時に働く酵素によってがん予防効果のある2-OHE1やがんを増殖させる4OHE1、16-OHE1に変化する。4OHE1、16-OHE1の比率が高い場合、特にがんリスクが高まるためこれらのエストロゲンをメチル化して代謝させること、また2-OHE1を増やすためアブラナ科の野菜や発酵大豆食品の摂取を増やすことが推奨される。