良性細菌は腸粘膜上皮のバリア機能、腸の蠕動運動などの機能維持に重要。（Lactobacillus sppの低下では頻繁に便秘症状が見られる。） 良性細菌はすべての菌がバランスよく多いのがベスト。特に重要なのは、Bifidobacterium spp、Lactobacillus sppの2種類で、これらは4＋が理想的であり、3＋以下の場合は、積極的な補充が望ましい。また、クロストリジウムは短鎖脂肪酸のもとになるため大切。