カンジダ治療は、抗生剤ナイスタチン（利点は非吸収性であり、全身副作用が極めて弱い）と抗菌ハーブのいくつかを組み合わせて、ローテーションで行う。良性細菌の投与も必要。また、腸の炎症を進行させないため、食事制限（砂糖、牛乳、小麦など）も重要。