マグネシウムは体内の殆ど全ての酵素の活性化にかかわっているそして、DNA合成、神経活動、筋肉、血管、血圧コントロールに関与している。マグネシウムは60％が骨に、40％が筋肉および軟組織に、1％が細胞外液に存在。体内でマグネシウムの濃度が一番高いのは心臓と脳細胞。マグネシウム欠乏で重篤な症状がでるのは心臓（高血圧、狭心症、不整脈）と脳（不安神経症、うつ病、脳の興奮）。また、細胞外に1％しか存在しないということは、血中マグネシウム測定が、体内マグネシウム量を反映しない事を示唆している。細胞内の局在で考えると、マグネシウムは、ミトコンドリア、細胞膜、核のすべてに関与している。