トコンドリアは元々別の生物であった可能性が高いが、ミトコンドリアと人間の細胞を結ぶ接点の役割をしているが小胞体。ミトコンドリアと共同でオートファジーやアポトーシスの調節をしている。オートファジーは細胞内の不要なタンパク質のリサイクル機構。ミトコンドリアと小胞体が接触する部分でオートファゴゾームという小器官が形成され、それが不要なタンパク質を取りこむ。元々飢餓時に細胞内の不要なタンパク質をリサイクルするための機構だが、細胞内の異常なタンパク質の蓄積を防いだり、細胞内環境が悪化するのを防ぐのにも有効。